مطلب ديگر آن است كه تعداد ادعيه صحيفه طبق روايات مختلف، متفاوت است. تعداد موجود در صحيفه مشهور و متداول پنجاه و چهار دعاست. در صورتي در ديباچه صحيفه مزبور تعداد ادعيه را هفتاد و پنج دعا نوشته اند كه متوكل بن هارون (راوي صحيفه) گويد: «از اين جمله يازده دعا از من ساقط شده، [1] و شصت و چند (64) دعا فقط محفوظ مانده است.»

بنابراين از آنچه متوكل بن هارون نقل كرده باز هم ده دعا از بين رفته است. در نسخه كهن كتابخانه آيت الله مرعشي كه بدان اشاره شد تعداد دعاها چهل و يك دعاست كه سيزده دعا از صحيفه مشهور است.

احتمال مي رود همچنان كه در صحيفه مشهور چند دعا از راوي فوت شده (و خود بر آن تصريح كرده) در اين صحائف نيز از راويان به واسطه نسيان يا عوارض ديگر از بين رفته باشد. ولي در كثيري از نسخ دست نويس يا چاپي صحيفه مشهور پس از ختم دعاها، ادعيه اي به عنوان ملحقات آمده است كه بعيد نيست بعضي يا تمام ادعيه مزبور جزو ادعيه ساقطه از صحيفه مشهوره باشد.

چنان كه همين احتمال درباره ادعيه صحيفه هاي دوم و سوم و چهارم و پنجم و ششم نيز جاري است. و چون قسمتي از دعاها و نام هاي ادعيه ي صحيفه آستان قدس با صحيفه مشهور مختلف است (با آن كه دعا در هر دو عينا يكي است) امكان وحدت قسمتي از دعاهاي صحائف بعدي با آنچه از صحيفه اصلي افتاده بعيد نيست. ولي تا وقتي كه اين احتمال به دليل قاطعي تثبيت نگردد فقط نسبت به ادعيه صحيفه سجاديه (كه به املاء حضرت سجاد (ع) است) مي توان ادعاي شهرت و استفاضه در نقل، بلكه صحت سند نمود [2] و بقيه ادعيه منسوبه به آن حضرت مشمول خبر واحد است.