پس از حدود هزار سال از نشر صحيفه كامله، مرحوم شيخ حر عاملي صاحب كتاب بي نظير وسائل الشيعة تصميم مي گيرد دعاهاي ديگر امام سجاد (ع) را جمع آوري و در صحيفه مستقله اي تنظيم و ارائه دهد.

وي در سال 1053 ق. اين مجموعه را تحت عنوان «صحيفه ثانيه» به پايان مي رساند. در اين صحيفه تعداد هفتاد و شش دعاء آورده شده است كه بيست و يك دعاء بر صحيفه كامله افزوده است.

گويا قصد ايشان آن بود كه ادعيه ساقط شده در صحيفه كامله را ارائه دهد. زيرا همانگونه كه در مقدمه صحيفه كامله آمده است، دعاهاي حضرت هفتاد و پنج باب بوده و راوي مي گويد يازده عدد از دعاها را از دست داده و شصت و چهار دعا را حفظ و نگهداري كرده است. [1] لكن در نسخ مشهوره پنجاه و چهار دعاء وجود دارد. معلوم مي شود كه در نسخ متداوله تعداد بيست و يك دعاء از دست رفته است و شيخ حر عاملي به احتمال آنكه همان دعاهاي ساقط شده باشد، همين عدد را افزوده است.

به قول افندي (رض)، اين صحيفه شريفه به صورت يك صحيفه عليحده همچون صحيفه كامله در بين مردم خصوصا در خراسان و اطراف آن شايع شد. [2] .

صحيفه ثانيه ديگر

به گفته صاحب «رياض العلماء» مرحوم افندي، شخص ديگري بر شيخ حر عاملي در اين امر سبقت گرفت و صحيفه ثانيه اي نوشت. [3] .

شيخ آقا بزرگ نيز مي گويد: «بعضي از افاضل معاصر به من اطلاع دادند كه صحيفه ثانيه جمع شده آقاي شيخ محمد بن علي الحرفوشي، معاصر شيخ حر عاملي است و چهار سال قبل از ايشان وفات يافته است.» سپس مي گويد: «پس صحيفه شيخ حر عاملي، سومين صحيفه مي باشد.» [4] .