توفي السيد علي خان (رحمه الله) سنة 1120 ه [1] علي أرجح الروايات في شيراز و في المحكي عن سبحة المرجان [2] ان وفاته رحمه الله سنة 1117 ه، و في رياض العلماء لمولفه الميرزا الاصفهاني المعاصر للمترجم له قال: «حل به [أي السيد المدني قدس سره] الموت في شيراز في شهر ذي القعدة سنة 1118 ه» [3] و في سفينة البحار: «و توفي رحمه الله سنة 1119 ه» [4] .

و دفن بحرم السيد أحمد بن الامام موسي بن جعفر الكاظم عليهماالسلام الملقب بالشاه چراغ عند جده غياث الدين بن منصور.