دعا پيوندي است معنوي ميان خالق و مخلوق، ميان رب و مربوب، ميان بي نياز مطلق و آنكه نياز به ذاتش آميخته است، دعا مكتب تربيتي بزرگي است كه در سازندگي و رشد و تعالي بشر نقش بسيار مهمي ايفا مي كند.

از آنجا كه - همچنانكه گفتيم - امام در زماني مي زيست كه جو بسيار اختناق آميزي حكمفرما بود، آن حضرت بسياري از اهداف و مقاصدش را در قالب دعا و مناجات بيان مي كرد.

از اينرو ادعيه ي ايشان تنها شامل راز و نياز و بيان حاجات در پيشگاه خدا نيست، بلكه دريايي است بيكران از علوم و معارف اسلامي كه طي آن مسائل عقيدتي، فلسفي، جهان بيني، مسائل اجتماعي، سياسي و بسياري از قوانين طبيعي و احكام شرعي در قالب دعا مطرح شده است.

بطور نمونه در دعايي كه امام در روز عيد قربان و روز جمعه مي خوانده اينگونه آمده است:

«... خدايا! اين مقام (رهبري جامعه) مخصوص جانشينان و برگزيدگان توست، و اين پايگاهها از آن امناي تو مي باشد، كه آنان را در رتبه ي والايي قرار داده اي، ولي ستمگران آن را به زور غصب كرده اند... تا آنجا كه برگزيدگان و خلفاي تو مغلوب و مقهور گشته اند، در حاليكه مي بينيد احكام تو تغيير يافته، كتابت از صحنه ي عمل دور افتاده و متروك گشته، واجباتت دستخوش تحريف شده، و سنت پيامبرت متروك گرديده است، خدايا دشمنان بندگان برگزيده ات از اولين و آخرين و همچنين اتباع و پيروانشان، و همه ي كساني كه به كارهاي آنان راضي هستند را لعنت كرده و از رحمتت دور ساز...»

اينگونه بيان را در دعاي عرفه و بعضي از ادعيه ي ديگر ايشان مي توان ديد، كه با صراحت مسأله ي امامت و رهبري امت را خاص خاندان پيامبر دانسته و از غصب شدنش توسط ستمگران ياد مي كند، و بدين گونه مشروعيت حكومت بني اميه را نفي مي نمايد.